次氯酸鈉液體投入水中，瞬時水解形成次氯酸和次氯酸根，因次氯酸是很小的中性分子，不帶電荷，能迅速擴散到帶負電的菌(病毒)體表面，并通過細菌的細胞壁，穿透到細菌內，次氯酸極強氧化性破壞了菌體和病毒上的蛋白質等酶系統；從而殺死病原微生物。
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